针对这种情况，康熙采取恩威并用、剿抚兼施的方略，即发兵扼其来往之路，屯兵永戍黑龙江，建立城寨，与之对垒，进而取其田禾，使之自困。同时再辅以严正警告。
但噶尔丹死后，准噶尔汗国与大清相比，无论是军事力量还是经济实力都处于劣势，皇阿玛若真一心要剿灭他们，也不是没有这个实力，但这样只会给别人可趁之机。
如果沙俄仍执迷不悟，则坚决予以歼灭。为此，康熙采取了一系列措施，加强边防建设，准备剿灭沙俄侵略军：侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者；屯戍要地，康熙二十一年十二月，决定调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵一千五百人往黑龙江城一带，驻扎爱珲、呼玛尔（今呼玛南）。后鉴于两处距雅克萨路途遥远，令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在爱珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人
黑龙江流域自古以来是中国的领土，满族的祖先肃慎族就生活在这里。从唐到明的历代朝廷，都在这里设置行政机构，行使管辖权。大清立国之后，继续对这一地区行使管辖权，加强统治。除设盛京将军（驻今辽宁沈阳）、宁古塔将军（驻今黑龙江宁安）和黑龙江将军（驻今黑龙江瑷珲）外，还把当地居民编为八旗。与此同时，还加强了吉林、黑龙江将军所辖的各镇，在沿江重要地区建立船厂，设置仓屯，陆上开辟台站驿道，发展水陆交通运输，进一步加强了边境地区与内地的政治、经济和文化联系。
在同沙俄的长期交涉中，康熙意识到，若非“创以兵威，则罔知惩畏”，于是决意征剿。同时也认识到，“昔发兵进讨，未获翦除”的原因，一是黑龙江一带没有驻兵，从宁古塔出兵反击，每次都因粮储不足而停止。二是沙俄侵略军虽为数不多，但由于“筑室散处，耕种自给”，加上尼布楚人与之贸易，故使其得以生存。于是造成“我进彼退、我退彼进，用兵不已，边民不安”的局面。
可谓是康熙的心腹大患。
治之下，准噶尔部又逐渐强大起来，经济较噶尔丹和巴图尔珲台吉时期有所发展，他也表现出极强的扩张欲望。要求大清把以前属于准噶尔的土地归还给他，“他向朝廷宣布……从伊犁河东部起到克穆河与克穆奇河之间的一些地方历来属于准噶尔人，所以现在应当归还他们”
顺治十七年宁古塔将军巴海率水军破敌于古法坛村，斩首六十余级，溺水死者甚众。
顺治六年，沙俄雅库次克长官派哈巴罗夫率兵七十名从雅库次克出发，于这年末侵入黑龙江，强占中国达斡尔头人拉夫凯的辖区，其中包括达斡尔头人阿尔巴亚的驻地雅克萨城寨，遭到当地人民的抵抗。哈巴罗夫将同伙交由斯捷潘诺夫率领，自己回雅库茨克求援。次年夏末，哈巴罗夫率领一百三十八名亡命之徒，携三门火炮和一些枪支弹药，再次侵入黑龙江，强占雅克萨城，不断派人四出袭击达斡尔居民，捕捉人质，掳掠妇女，杀人放火。九月底，哈巴罗夫又率领侵略军两百余人，侵入黑龙江下游乌扎拉河口中国赫哲人聚居的乌扎拉村， 强占城寨，蹂躏当地居民。英勇的赫哲人民奋起抗击，并请求朝廷予以支援。
力求控制贸易通道和贸易中心，于康熙三十九年出兵喀什噶尔，不断扩张自身势力。
当初噶尔丹大败喀尔喀之后，沙俄就趁火打劫，要是大清和准噶尔死磕到底，得利的只会是俄国。
顺治九年二月，朝廷委派宁古塔章京海包率所部进击，战于乌扎拉村，打死沙俄侵略者十人，打伤七十八人。清顺治十五年六月，宁古塔都统沙尔瑚达率战舰四十艘同侵略军激战于松花江下游，歼敌二百七十人。
明崇祯十六年夏，沙俄雅库茨克长官戈洛文派波雅科夫率兵一百三十二人沿勒拿河下行南侵，于这年冬天越过外兴安岭，侵入中国领土。十一月，这些侵略者到达精奇哩江（今结雅河）中游达斡尔头人多普蒂乌尔的辖地后，四处抢掠，灭绝人性地杀食达斡尔族人，被黑龙江地区人民称为“吃人恶魔”。次年夏初，精奇哩江解冻后，这伙匪徒闯入中国东北部最大的内河黑龙江，沿途遭到中国各族人民的抗击。后由于后金在明末在关外与明帝国交战，无瑕顾及黑龙江流域沙俄的觊觎，导致爆发雅克萨之战。
经过军民多次打击，侵入黑龙江流域的俄国侵略军一度被肃清。顺治末年至康熙初年，沙俄利用朝廷忙于平定三藩之乱，侵占了中国领土尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）和雅克萨等地，并在那里构筑寨堡，设置工事。还以此为据点，不断对黑龙江中下游地区进行骚扰和掠夺。朝廷虽多次警告，都无济于事。
还是明朝统治时期，俄国就不断南下侵略。明崇祯五年，沙俄扩张至西伯利亚东部的勒拿河流域后，建立雅库茨克城，作为南下侵略中国的主要基地。从此，它便不断地派遣武装人员入侵中国黑龙江流域，烧杀抢劫，四处蚕食。